¿Por qué a algunos usuarios no les aparece la opción para seleccionar el banco al registrar un abono por transferencia?

Esto depende de la configuración del usuario, no del cliente. Para habilitar la selección de banco al registrar abonos con métodos como transferencia, debes:
• Ir al módulo Configuración → Usuarios.
• Editar el usuario correspondiente.
• Activar las opciones «Registro Cheques / Depósitos» y «Registro de Tarjetas» en «Sí«.